Príbeh Tomb Raider Anniversary je rovnaký ako príbeh prvého dielu Tomb Raidera, takže príbeh je skopírovaný odtiaľ. (je tu dvakrát len kvôli poriadku, aby sa zobrazoval aj v sekcii Anniversary).

V starých časoch, keď sa všetky národy sveta klaňali jedinému - Atlantíde - bol práve panovníkmi v zemi Atlantída vytvorený mocný artefakt Scion - ten dokáže zmeniť genetickú štruktúru organizmov. Táto sila mala slúžiť v prospech ľudstva, no našiel sa niekto, kto ju zneužil a pomocou Scionu vytvoril démonov, ktorí následne zdevastovali celú Atlantídu a obyvatelia boli nútení utiecť do iných rozvýjajúcich sa ríši sveta (neskôr z nich vznikol Egypt, antická kultúra, a pod).

Dotyčnú osobu, zodpovednú za túto tragédiu (volá sa Natla) však stihol zaslúžený trest - zvyšní dvaja panovníci zaniknutej Atlantídy, Qualopec a Tihocan, ju uvrhli do ľadového väzenia, kde mala trpieť na večné veky. Obaja potom odišli do rozličných kútov sveta; Qualopec do Peru a Tihocan do Grécka, založili obrovské civilizácie a postupne zomreli...

V 40. rokoch 20. storočia prebiehali v Novom Mexiku jadrové pokusy, vďaka ktorým sa na povrch dostala i schránka s Natlou vo vnútri. Tá sa prebudila a s plnou chuťou sa pustila do svojho predošlého plánu - vytvoriť rasu démonov a ovládnuť svet. Postupne sa jej podarí začleniť sa do sveta bežných ľudí, vytvorí si veľkú korporáciu Natla's Technologies a takýmto spôsobom nazhromaždí potrebný kapitál...

Následne, keď už je na všetko pripravená, si Natla najme skupinu dobrodruhov a archeológov, aby pre ňu vypátrali tri po svete ukryté časti Scionu, netušiac pritom, pre koho vlastne artefakt získavajú. Tento tím pozostáva z Larsona, Pierra DuPonta a Lary Croft, pričom tretia menovaná nemá ani tušenia, že v hre sú zapojení i ďalší. Natla si najme Laru v Indii ako poslednú (prostredníctvom Larsona) a povie jej o stratenom meste Vilcabamba v Ándach, kde sa údajne nachádza Qualopecova hrobka s prvým Scionom. Lara by možno túto zaujímavú ponuku odmietla, lenže po Vilcabambe pátral kedysi už jej otec, avšak neúspešne. A tak keď sa Lare naskytla príležitosť, treba sa jej chopiť.

Veľmi skoro sa dozvedá, že kúskov Scionu je viac, a že po nich pátra okrem nej i Larson a akýsi francúzsky profesionálny vykrádač hrobov Pierre DuPont. Situácia sa komplikuje a Lara si uvedomuje, že Natla ju iba obyčajne zneužila, aby tak mohla realizovať svoje diabolské plány.

Po tom, ako Lara postupne získa všetky tri diely Scionu a odstráni z cesty Pierra, ju prepadne v Egypte skupinka hrdlorezov na čele s Natlou a podlo jej ukradnú nielen všetky zbrane, no hlavne i krvopotne vydobytý Scion. Avšak Lara z tohto stretnutia vyviazne živá a hneď sa vyberie za Natlou k tajomnému ostrovu uprostred oceánu, kde sa údajne nachádzajú posledné zvyšky bájnej Atlantídy.

Všetko vyvrcholí v atlantických ruinách, kde Miss Croft v tuhom súboji porazí Natlu a vyhodí celý ostrov do povetria, aj spolu s ohavnými kreatúrami, ktoré vzišli zo zneužitej moci Scionu.

Príbeh napísal Gerbil, autor stránky TombRaider4U.sk